Incubatorul, ca segment al lanțului de producție de pui, urmărește producerea puilor care nu conțtin agenți patogeni. Procedurile de curățare și dezinfecția sunt necesare pentru a reduce în permanență nivelul contaminării microbiologice, și, ulterior, riscul contaminării cu bacterii ale mașinăriilor, clădirilor, ouălor și puilor.
Într-un incubator este foarte important ca detergenții destinați dezinfecției să se dovedească a fi eficienți și siguri pentru echipamente și diferitele tipuri de materiale (cupru, aluminiu, etc.), dar în același timp să asigure un rezultat excelent al curățarii.